AlignACE 3.0

Number of columns to align

Number of sites to expect

Fractional background GC content

Enter FASTA-formatted sequence below:

>HSP Protein ATCTAGTTGTCGAAGCCACATTTGAATCATCGAGTAAACAAAGACCATAGAAGATCCTTTGTACAATAGGAGGTACATAATGCTGTCCAATTCCTCCAGAACCATTCCCAGCTCCTCCAGCTCCATTTCCACTTCCTTCTCCAGAGTTGTTGCCATGACCTTGATTGGCCGAGATAATATCGTTTTGTGTTAATAAAAGGGAAATGTTCTGAAGCTGCAGCTCATGTCTTATTTGAGTGATAGCATTCATCTGTGGGATTGTTCTCAAGAATGGCAGATTCCAACCTCTAACCCTTCTACAATATTCCGAAAGATCCAATACATTAGGGTGTGGATGGTGGTGCTGGGTAATCCCTGCAGAGGGGCCTGAGCCACCAACCCCTACTCCCAGACCCAATCCTATTCCTCCAGATACCGCTCCTGGCCCCGATCCGGCTGCTACGGATTGATTCTGTCCCACTGTGTGGCTACCTGAGTCACCATAGTAATTCGAGGAATCGATTCCATTCATACCATGGCTCTGGAAACTACTAACTCCTGAGTTCCCCGGGCCAGAACTTGCTCCAGAGCCGTATTGAATACCATGAATACCTCCTCCCCCTAAAGAGGTTTGTGATTCCTCTTGCAAGCTTGAGCTGGACTTTTGTCCAGACGTAGTTCCTCCAAGCAATAATCCCTCATACTCTGATCCGGGGAGACCACTAATGACACCTATAGCTCCGTCAGAGACGGAAGTATTACCAAGAAGATCCATCCCTCCAAACCCTCCTGAATCCTGATTAGCACCTCCTAGAATACTTCCCGAACCATTAAAAACTAGGTTCTGCTTTGACCCACTAGCTGGTTGAGCTCCAAGCTGAGAGTTAGAATAGCTAGCAGAGGAGATCTGGAAACCTCCATGCTCATGATCAATTGTATTGCTTGTATTGTGTCTAATTGCTGATGGGATAAAAGGTTGTGCTGAAGCTGTTAATCCAGATCCCATCTCCCCTCCAGAGCCTGAAGCTCCACTTGCTCCTGTTCCTGTTCCTGTTCCTGTTCCTGCTCCAGATCCCATCCCTACCACGAAGCCACTTCGTGGCTGGAAAGTAGGAGCATCTGCATGGAACGAGGAAACCAATCCCGAGTGTGATTTGGTTTCAATATCACCTCGCTTTGCTTCTCCTGGTGTCTTTTCTTTCATAGATTGACCACCTTTCCATATATATATGATATATATTATGTAAATATATCATATATACTATAATATGGGCTTAAATTAGTATAACTCAGCTTCTTTTCCACATGAATTCCATAATAATTCTGCCTTTAAAGTCTCACTATATATAAAGGAGACTCCTCAATTCGCGATTGATATTTGTTGCAAGTGGAATAAAGGTAGATCCAGCTCAATTATATTCTCTTTAATTAAACTCTTTAATGATTGGAATGTAGCTTTCTCGTGTATTTCTGATGAGATTCTTACTTCAGTAGTCGTTTAGTTAGAAACTAGTACAAATTCCCCCTTGTTTGTTCCTTAAAATACGGGGGGAAACTCAAGTTTTCAGCCTTTTGCTTGCTTTTAATCTTTTTTTGCATATGCCGGTGTATACGTGTCGTATCCTTTATGGCCTTAGGAATTTCCGCGAGGGGGGCCACTTTAAAATATGGAGGGGAGCCAAAACCTACCCGGTACACTATAAAGCCAAAATTAAGGTTAAAACTTAACTTTGAGACATATTTTGGAGAAAGTAGAGGAGTTTGGAATTCCTTTATTCTCAGTTTCCTAAGTTTAGGAGAGATAGAAAAGTAAATTTCCTGAGAAAGATTTTCTATAATTGATTACTTGGTAAACAGGGAGTTTAAATTTAGTTCTCAAAAAGTCTGGAATTACATTTTAAGCTTTTATTTCGAATTCAGAGAGCCTGTACAGAAGGAATAAAGGCCCGGTAACGCAATAGAACAGAAATAAAGTAATTCGATTCTTGTACATAGAAAAAGTCAAGTATATATATTAGAA >dnaK-type molecular chaperone hsp70, organellar CCATGCTCCTCCCCTTATAGCTACTCACCAGCTTCCGCCACACCCTGGTATTCATGCACCACCCCCTTTTATGGATCCTTGGAACATGCAAGGACATCCCTATCCAGCATATGCTCCAGATGGTGCATCACACCATTTCCATCCTGGATATCCTGGAGCTCCTTTCCCACAGACAGGGCCTACCCATCCATATGGATATGTAATTCAGCCTCCAAATATGATAAATCCTGGTATATACGGTGCTCATGCACACTTCCAACCATTTGTTGAGCCAATTTTGCCGATTTGCGGTCCTTACTTGACAGAAGAACAACAAATTCAACTTGCAATGTCGTTTCCAATGCTATCAAAAGAAAATTTTGAGCTTATCAAGCAGGCCCAACAAAGTGTTAAAGATATTTGGGGGTTGCTCCCAAAATCTATCCGCTCATCTCTTCTCCAAGAAACACAAGATTTTGGGAATTCAAATGAAAAGAAGAGCAAGCTATTCAAGAAAAGAAAAGATTATAATTATAATACTCAAAATAACATAATTAACAATAATGGAGTAAATCCAATCAATAATCACCATAATAGTAATAATAGCAGTAGTAACTCTGCTCACTCATATAGTAAGCATCCAAGCCTTAAAAAGAGGTCTGTATAACTTTTAGTCATAATCTTTAATAATTATTTTGATTGAAAATCTGTATCTGCTTCCTTTGATTTGAATTTAATTAAATTATTATAATGGGATCAAGTTTCTACCCAAACAACTTCTGTTTCCTATGGCTACTTTATTTTGAAAAGGAAGTGGTCCAACAAATTCCTGCTTGTTCCAATCAACATTTGCTAGAGATCTTGAAGACTTGAATATGTAGCTATCTTCCTTTAAAATACTAGCTTCTTCCATAACCTGAACGCTTGAGTTACTTGCTAAGTTGGTCATGCTTTTACTATTCTTACAAGATCCAGGCTGTCTATATCTTTTAAGTTCCATCTCAGATTCTTTAGGAACTTCCCTTTCCATACATTTTCTTGGTTCTACATACTCCTCCATTAGTGAATAACCTCCTCCTGGACCCATCCAAACAGTCTTGTACTTTAATCTGTCTCCCTTTTTTACTAAAGAATTTGACTCCAATCTAGATAAATCCTTGATACATACTGAATCCAAAGATGCGCTTGAAATATCGCAATATTCATCATGATCTATCTCAATACTAGTACTCGGTAAACTTGGGAACTCTCTACTTTCTCTCTTGGTAGCAGCTGTCTCAACTTCAAAATCTGTATTTGTTCTTGGAATGGACAACACACTACTCAAACCTGAACTTCCATTCTTGTAATACCTTTTCATATTATTAAAATTTGCTCGTCTAAAGCCTAAAACTTAGAGAATTTATTAGGGAGTGAAAGAATCCTATTTACTTATGTTAGTAATAAGTTTATAATAAACTTTACTAACTTTCTTATCAATATATCTTAATATGGATTTTTTTTAAATTGAAAAACTGTTGTGTCCAAACCTCTACTTTTTCAATGTTGGTATGAAAAATATGGAAAGAGGTCAATCTTAGCCTATGATACTCCATTAAAATATTTTAATACAAATGGTAAAAGTAGAAACATATTAAGTTGAATTATTGCATGCAGAAATATTCCTTTGTTCAAAATAAAGCAAGTTTCATGATCAAACCTTTTTATAATTTAAACATTATTGATTTAACCTAAAATCTACTTATTCTTTAAAACTTTATTTGTAAATATTGAATATTATTGCATTTTTTTTGTTTTAACTAATCTTTTTCTTTATCTATTTTTGACAATAAGAACACGTATGGCGCCAAAAAGCCCGTGTAGCAAAATTTATTTATGGAATTAGAGAAATAAAAAAAAGCCCAATTTAATAATTTGAGAATTCGGCAATAAGTTAAAGGTGCTTTAATAGAAGGAATTGCTTTTTAGTGTTAAATTTAGAATTTGTTCCTTGGTCAAATCACTGACTTGTTCTTTCGAG >Hsp60 TTGGTGGATTAAAATTAAACAAGGTGCAAGGAGTGGTAGTGGTAGAGTGAAATAGAAAGAAAGGGAAGAGAAGAATAAGAGGAACTGTAGAAAGAGAAGAAGAGAAACTAAAGCTGAAAGAATTTTCATTACAAATATCAAAAAGGTGCGAGAATAAGGAGAAAGTGAGACTTTAGTTTATTAATTTGTGTGTGTGCGTGTGTATATAAGAATTGGAGGATATAAAGCAATATTGGGTTGCTTTGGAGCTTTTTTTCGTGGAGAGAATAAGGGTGGAAAATGACAGATTTTAGTGAAAAGAATTTGGAGTATAGGTTGGACAGTTCAGAACACCAAGCACAAGGTCAGGGACAAGGGCAAGGGCAAGGGCAAGGACAAATTCAGAACGAAAATAAGATTCCAAGTGGTCCCATAATAGCAACATTATGTTGCTTGTCGGCTTTGGGTTTAAGAGGAAAAGTGGTATCATCATTCTCATTCTTTCCTCCGAAATTGAGCGGTCTAGTATTGAGAGATCGAGATGGAAGCGAAATAGAGTTTAAGAAGGAGTATATACGCATGAGATTTGGGTTAGAAAAGATTACCTTAAGATCTGTGACTAATATAGAAAAGAGATTGGAAGATTTGTTAGTTGGAGAGAGAAAGGCTGATATTTTTTGTACTTGGTTGGAAAGTGGTAGATCAAAGATACCTATTTCTTGCATTAGTATATCCCCAGTTCATAATGAAGATGGTACTAGAGAAAAGATTCCAGCATTCATATTTAGTCATGGAAATGCGACAGATATTGGAAGCATGCTACCTTGGTTTGTAAATTTGAGCTTAAAGTTAAATGCGCATGTTTTAGCTTATGATTATAGATCATATGGTCTTTCCAAAGGAAAACCGACAGAGAGAGGGATTTATGCAGATATTAAAGCAGTTTATGAATATGCAAGAGACGAATTAAATTTTCCAACTGATAGAATTTTTCTGTTAGGACAAAGTATAGGTTCAGCTCCAACAATACACCTTGCTAGAAAACTTAGGAAGAAGTTGAGAAAGAATACAGGTACAAGAACAACTTCTGATAAATCCAATATTGATTGTAATAGGTCTGGGCTCCCTTTAGGAGGAATTATTATTCAATCTGGAATAGCTTCGGGTTTAAATGCTCTTTTAGCTCCAGATTATAAGAAAGATATACCATGTGATGTATTTCCAAACTATAGGAATATTCGAAAAGTGCCATTTCCAATTCTTATTTTGCATGGAACTAATGACCAAGTTATTCATATTTCAAACTCTAAGAAGTTGTTTGAGAATGCGAAAGAAAATAAATTCCATCCTCCAGTAACTACTTGGTGGGTTGAGGGAGCTAACCATAATCTTCCAGGGCCAAACCCCAAAAAAGAGTACTACCAAAAAATTGGTGCTTTTATTAACTCTGTAATTTAATATTTAGAGACAATTATTATCATTTTGACTTTATGACCAATTTTATATTAATTAATCATATAATTCTATCTCATTTTATTATATATAATTTGTTTGTACCCCTAGTTTATCTTCAAATCTTCAAAAATATATTCTTATTCTTATCTATACAGCCAATTGTTGTAAATATGGATGTATTTGCTCTTTTATTTATTATTAAATTTGGTGTGTGCTACTTAGAAAACTCTCTTATATGAATTCTTCAAATCTTAAGTACTATTCCTTTTCTCTTAGCTCCACTAAATATTCGCACAATTATTGTATTACAGCAAAATCGCATATTATTTACACGTGTCTGCATGCAATGACATATTTCCACATGCAGTCATTTTTACTGACAATGTTACAAATGTTTGCATGATGCTCGAATTTTGGTAAAATGACATTTATTTTGGCGGGAAAATGTTCTTGACAGAAAACTTTTTCATCACGAAGCTTATAACTAAAGAAAAGGAGGAACTTTGGTGTTTTTTTTTCTAATTATTAGAAGGAATTGAGATATCATAGAGAAATAGTTTGAGAA >HSPC236 AAACGTATCTCAGGGAGCAATCAACTTCGAATATCATGTCAGGAGATTTATCTATGCATGGAAATAAGGAAGATCATTTACTTCCTACTAGTCATACTTGTTTTTTCCAGTTAGAATTACCCGGATACTCATCTAAAAAAATACTAAAGGAAAAATTATTGTATGCAATTACTGAAGGAGTTGCAATTGACATGGACAATGTAGTACTTGATAATAATTAGGAGTAATATTGGTTACATAAATTACTTAAATATATTCAATTTTTTGAATAATTATTTAGCGCTACAATTTTTTGAATATTTATTTTCAAATTGTACGACTAAATAATTGAGTTAATGAATTAATGGAAATAAACAAAGATTTGGAAGAGGAATAAGGAAGTTGAAATAAAAATTAAATATTATGAATTCATTAGTACAAAACTCTCCTTTTTCATCAATGATGAACTTTACTTTTTTTGACCAAGCAAAAAAGATATTACAATCAGAAGAATCTAATAAATTAGAAAAGTATAAAATTTGGAAGGAAAACACATCATTACTCTATGAAAACATAATGACTCATATTTTGGAGTGGCCATCACTATCAGTACAGTGGATGTGTGAAAGTAGTATTTCTGATGTTGAAAGCTTTTACTCTGATGAAGGTATAAACGAAACATCAAAGTATTCTTTGTTAACAGGCACCCATACATCAGGAATGGACCAAGATTATATTATTATATTGGATGTTTTATTGCCAAATTGCTCCATTCCAGAAAATTGTAGGAAATTCGATTCTCATAGCGATTATGCTGGCTTTACAATACCACATATGGAAGCTGATTCCAATAATTTTAGTCAAAGAATCCTAATTCCACACGATGGAGAAGTAAATCGGGTTGTTAGCTCTCCCATGAATGGGAACATTATTGCATCCAAAACTGTGGTGGGGGATGTTAATATTTACGATTTAAATAGTTTAGTGAACGAAAAAATGGTTAAAGGCACTGTTAAAACTGAAAATAATCCATCATTAATTTTATGCGGTCATGAGTTAGAAGGTTGGGCTTTAAGTTGGAATAAAATTAAAGAATCCTATTTGGCAAGCGGTTCGGATGATAATGTTATTTGCTTATGGGATATTCAAAGTAAACCAAATAATTATGAAAGGAAATTAAAACCGATTCTTAAATTCATGGGGCATGAAAAAAGCGTTCAAGATATCTCATGGAATCCTTCAAATGAGAATATCATGATTTCAGTTGGAGATGATGGGTTAATAATGATTTGGGATATTCGCGAATCGGCCTCGCCATGCTGCACTACAAAAACGTTCAAAGAACATTGTTCTGACAATGCAAAAATTAACTTTGGTTTTAAAAAGTCGGTTGGATATTCTTGTATTGGCCATTGTAGTACAAATATTAATAGCCTTAACACAATTGAATTCAATCCATTTCAAACAAACATTATTGCTGTTGGAGGGAGCGACCCCGTGATAGCGATATTTGATATTAGAAACATGAGCAAACGACTTCACTCACTTAACGGGCATTCTGGACAAATAAATCGTTTAAGTTTCCTCTTAGAAAATGAGTCATTATTGGCATCTGCATCTTCAGACTCTACAGTTTCGGTAAGTTTAATTTAAGATTAAATTTATAGACCTAATTACGATAAACTTTCAGATTTGGGATTTATCAAAAATTGGAATGGAACAAAGACCTGATGAAGTTGAAGATGGTGTACCGGAGCTAATTTTTACTCATAGTGGGCATACTTCTCCAGTAATAGATTTGTCTTGCATGACTAACTATTTACAGACTACATTTGCAAGTATAAGCGAAAACAATTATTTGCATATTTGGAGCCCAGGGGAAGCTATGTTTCTTTCAGATGATGAGGATGAAGAACTTGAAAGGATAAAAGATATCCAAGTTGAATAAACGTACATTTTATTCAGAAAAATTACATCAGATTTTGCGGCAAATTGACATATTTTTCAATTAGCAATGAAT >heat shock protein, Hsp70, transcripts identified by EST; Chromosome 7 ttctccttgtgaatataattttagatctaccatagtcccaatacccatccctaaggtcttttgcaaatattattcctttcttttctgatttttcacctctactaactttaaggtcactctttgtgtagtaggatagaaatgcaatggggtcagttccatccatgatgaaaaatcttactttatttggagaaatatgtgaatcccaatttcctactagttttacagcaacacaacctctttttcctatatcccaagctgtgtggtagcccattataatatcttctggtatatactctcctttgggaatccatgctgtgcttctaatttcattcatctcttctggacttaatgcggcaatttcttctcctctttgaatttgctcaatttcgtcatgcaaaaaatcgggattgtcatcttcatttgctttatgtctcatcctcctatttcttattctctgtctaaatctaacatcacctaaattagaattatccgtactacctttattttggaatattttaagtttatcttgaataatgctatcaaacttatttgaatttgaggttagaattgcattaggatctaacttcatatcatcatcttcgtcaacagaaaagtcatcatcatctccgtaaaagtcattccaatcataatctccactataatatccttgtacatttgctaaaattttattaacagaggcagattctgaagcatgggctgaattactattatccaaagtattctgcatcttcaaaatatattcaaatctctaaaatctatagagactttaattctctttaaattccactcctatatcttattttcttcagttatttcatttagattcattatttttaattagattgcttgtaatagaaattccaaaaaatgtgtgccagcccgccaaaaccaaaccattataaatacaacataaatagtataaactgcattatgacagattgggaatcacttttactagagagagtcaaaaaaagggatcagccaagtatctctgaccttctagagctttacggatcgtgtaagtaattttttcttttaatttttaagccttttaataacttacttccttcttgatttggcgtaaattacactttttattctcatttttttttctcctcaaatagatactgatctaaggaaaaggttcatctcagctcaaccctgcaactcatcaactcctcaaaataggaaaacaactcacactaaaaattctagtacaagcactgaacaagtccgtttcctacaagcaaaactttcacaactacagcaagagctcaccaattcatataagaataaactcaactttgatgattctattggcaaactccgtgagaaaattgataagttagaaagtgaaatttcagaaaaagacaaaacaattagcaaacttgagagaacaatttcccacttgcagtctaataaactgtagattagttatatattaattacaaacacacagaaacgcatgaacaagacttcaatctttcctttatttcagtcttaaaacgattattacaatactttttaacttttgcccctcaaccgctctccacccaagaataatgcccgcctaaacattaattattactaattcaaatatatatattagtggtaactaataaatttaagaggggttggataacaaattaatggcccacataattaataataattagtgataagtattaaagaagagaggtaccatattattgttgacacacgtctaatagcggttattttttaatataagatattttgctatatactaattcaaagcactgtttaaggatataatcaaagatactatttagagctatagactgaataatcataaattattctaattatatatattattaaatatagattttatttaagttatattaattaagcgttttaacccctcttaaattttcccccaaagaaaaattacccaacattaatatttcgaacatttcagttttcttaaagttggaaaga >heat shock protein 90 (Hsp90), signal peptide plus ER retention motif gtttacttgaatagcaacttcagatttgttattcctataaatacaagaaatatttgaatccttagaattagctattacaagacaacatggtaaaagcgttttctgtccattattcattgctttcgtgcttgcattattctctattatagttttcaacgaaaggtacagatattgtaatctctcgtattcgacgagcttttcgcgaatattttgttggattaatggcagattatcacatgattgagaattttccgaacataagatgtgattaatgctagaaatacctttccatattatatttttattacttttgtctataatttttgcagaaattaggacattaattgcatcataaactcgtctccttatgcttttttcacttgactcacgatttttctgataaatagggtcatttgctgcacgtattgaatcaatagggcctaaatattccattattaaattgtcggcgatgtcagtttgcgtagaaatcctccaaacctttaataaagtgcaaattcttacagcaacctgttttagagtgcctttatttgatgaattaccaagtattcccatatatggtagagaattgtttctagaatctagattatattgattggaatgtacggagtctgtttctgtagtaagcatttcaaatgtatagccagtactaccaacattattagcagataagctatcaccggtatttaccgggttaatataactgttcaaacttctagaatagtccatatgaaagaaaaaattataattatttgaaatctaattattaatctcttttcgatccagatttgccgatttttattttagcggcaatagttagcttgtataaaatggagagataacaacagtatatatttggcaataataaacagtaattgtttatattatattctggtgagtttactgaattttaggttcatcgaaccaattgcaaattgagtttatttattggtaataatcattatggcataatcaatgaaccgccattttactcccctcacaacaaatggcaggaatttgaatataaaatccctcaattagatttatttattgctatggacgctgactactcattttcgctcacaacattcagcccttctggaaaacttgttcagatagaatatgcgcttaatgcagttaactctcaagggcgtcctgcattgggaataaaagcaagaaatggagttgtaattgctactgaaaagaaagttgcgagcccattggttgaggaacattcaattagaaaggtcgaattaattactagtgagataggctgttgctttgcaggtatgcctgctgatttcagagtgattctgaaaaagagtcgaaaaattgcccaggtttactacaatacgtatcgtgagcaaattccagtatgtgaactagttcgagaaatcgcaactgttatgcaagaatttactcagtcaggcggcgtaagaccattcggaatttcattattagtagcaggtttcgattcaactagaggcccccagctatttcaagtagatccctctggtgcctatttcggatggaaggcatctgcaatcggaaaagacatgcagaatgcaaaatctttcttagagaaaagatataaccctgacgtagaaattgaggatgcattacacaccgctctcctcacattgaaagagtgctttgaaggagcaatgaatgaagacaacattgaagtgggtataataggggaagacaaaaacttcactattctatcgccacaggagataaaggactatttaggtgaggttgaataggaaagaatttagaatagcatattagctacattaatataattatctcaagcgtgtgcagattattttgttttgattgcgacaaatatgatttaattgtttcttgagacgatgtggggaactaaggagacgccgtgttattcatgcgcgccccgcgatactgttcgatttactcaactaaagattgccattacactgaataagttctgtttgcgtaata >heat shock protein HSP70, mitochondrial; 3 cgtcagaatagaattcaaaccccccaaattgccatgatggaccctgctgccctacaacaagccagtttggacgtccataatgcaatgtaggttttgggattttgttttccagacgatttcctttaccatcaagttgaactgagttcaaaagacctgatgccatatacatccttaacacatttacatcagctcctgccatgaaatatcttaaagttagacaatgactaccaaagctatatacccttggatttcctattaatactgctgaagctcctggcatatatcctggtgctctaaagaaaatatagtgcccttctcccttcactcctgtagttgtatcactttctggtctcgacccaactatagtttcctcaccaactccaagttcaaatcttgtctttgtttggtagtctaaaagagagctgaatccacaaccaaggtaaccttggagctcaaaatcacaattaaatgatgagttttctttggtatttaataaaccagctgaataaatatgtaattttgggctcatggtatccttgaatgctctacttcttgcaggagaataacaaattgtaaaactatcagcatcatctttaatcccatttatactgaagattactgtcgcctgcctagcagcagatttttgcatattatcaccaataacaagctctgaagtctcgtatgatcttactcctttaaacggtcccaagccaattttatttggtggacattttcttagaatatcactaagtagtaagttcttttgcttaatagtcttctctggagaataattttcattttttagtaggtaaattgaatcatcttgtgttagacctactccagatatagcaactatacaatttgatcttttaatacaaaagtattcttgaacaattggagagatttctacaattgagttagaaggtccagatactgcctcatcctcagccccactttgtaacatatagcctctattcccttcttctggacaggaggaggcaccatctataatttctgtgggatttggagaatcttgggtatacaaatacaaaacacatcctttttcggattttttgtcagagcttactgccttttctggattgttagatttttcctgtaaagatcttagcgaaggtctgcctttagattgttcttgtctttctggaaataatagctcttcaatagctgaaggttcattcatacttggaagaattcccgcatttctagttagtggatttgaagcatcagcttcatttatttgactacagattagttcagataaactgaaaaaagtcagaagcaagaactttaaccaatgaagcatcttttcttgattgtttaagcttaaattaagattatatataatattagtgagttaatttcgacacttatttagctgcattcagcctttttcttatgcaaaataatctttattaaatttaaggtttaaattaattaatattatttgtttatattaaaagaatctgtaagcttttgagcactagatttaacttattaatgtatttatcgccaatacttatactctctaagttaagaagaaaagggaggtattggtgaaaatagtattcgaatctatttatatttagattgaataatattaatttttaattcccaaaaattatttcaattgatttatatttgagagaaatcaaatattacaaataatatcacttttacatctttagaccttactttatatgaaattcaaaccttgttgcatctacatgctcggatttttgcatgcaaattgcaaactgcatgcaaaaatccgtctcaagtaatttttacttttaagtataacttgagaacacttagggaaataagagaatatttaaattcacaaaataattgaataaaaatgatagaaaagctcaaaattattatttaatgcctttagacaaaaatctaaaaaaagctattagagttaataatactaggagagagaaatctctaggttataaaatatcattgaataaaaaa >Hsp90, transcripts identified by EST; 3 gatcgattatccactaatacaaataagaagaaatttaaggctcaacttttctattcataattacaacttcaaaaagtttgtttgtggtttataattgaataatagtaataaaataatatgtcattaaataaacagagtttgaggttaaatgaggcacagctaatagcagtaagagagacttttgatttagcagatgatgattcagatggaaagattaactttgatcaggtaagttattttttttgaaatcgttgaataaatatataaaaaatataagattaataaagtatattacatataatttataaggagtgaatcgattattctgtttttttatttgactaaataattttacagtaattttgtatgctttatataaatgattcatttcctaataataaattattattattattttgaaaatataataaataactaattaattattttattaactctgaaatgttttaggcatgtattctgtttagagtacttgggcaaacaataacagaccgcgatttaaaaacagcattgttggaaggttggccaggacttgatattcaatctgatgaaactaaggacaaagggtttaagaaaatagatacaagttcattggctccaatagaatttgatgcatttattaaaattttcagagccaaatataagattccttttgatgaagatacaataattgaagcttttcaagtttttgatcctgaaaatacaggacttatgccagcaaattcttttgtaaaattaatgacaacaacaggagaacctgttccagcaaatgatgttgaagatttattactacttgcaaatgttgataaagatggcaaatttgactatactcaattagcaaagaggcttgttgaaggtcccaagaacgttcgtgttttataataaaaaattcaaaaatttttcgagtaaaatttcatttagtaaatataaacaaaggaagacattaatttttttctttttttttaatacatgtctattatctctgcaataacggtatttcataaattgtttatccacatgagtgcatgcatgaaaatttgcatccacatgacgtagtgcatgattgaattaattattataatgtaagttagtaacggtgataagttaaattgagatttggacataaaaaaaaggaaataaaggtaaatttgatgctgaaagaatgggataagaaatttgggaggaatacaaatttaggtattatgcaagcgtgatacaaatagaaaagagtcttgaagaaaagcttgcatacatgactatttcgtggtaattcaagttctttcaataatacaatttattcttgagaatacatatgaacagttaagttttaaaatggaatatttaaattttcgacttaaatattcagcaaaaaaaaattaacaaaacgacaagaaaacaatttaatcttattttctatgcaataaatcaacattcactaaagtgttgggaaagttaaaaataatctggagaagaaaatattgtgagggttaatggggggttacgacgttgttagagtgggatagcagaaaatgaatattgagaagtaatacgatcatttcctttcaatataatgtcacagataacacagtaaaaatatatttaaattaatttctggcactaatatttaatacgcaataaatataactaagaggggaattcaagtaattttttatgagggtatcggtgagacgggtacgcaagtattgtctcaacaattacccccatttaaaataaagttaataatcaaattaaataaatagataagaataattaaatagatagtagaatagtaaagaccggaaatgcatagacgtaaaagtaaatatagttatataatgccaaataaatggtgagatatttaatagataagtcaagggggggaagtttaaattaaaattgaataaaataggggcaggtgagagaagagataaaatcattctatcaaaaaaagggtaattttcattttttaagaaaacttga >heat shock 70 (HSP70) protein, transcripts identified by EST; 2 ttcttctttgacagtatttaacttttgtttcatagagagttcaaaccattctcttaagatttttgatttgatttttttctttctattattccccacatatgattccaattctaataatattttttgttttaaagtatataaataccattctttaataattctagagactgttttttgtgtatgatgtgcgattgcactgctatatttatcaaaatcttggaattcattattagttgtatgcaccatatatcattaattatcgtgatatttcaactttgttaataaataatagatttgtaaagtacttatatgtaaatgagtatatattaatattataaagatgaggaattcattcaaataaatatagttggatttttttttttgttttattaatttctttaaaatggtttaattacttatcattaataattttcttattaaaaaaaaaattgcgatttcacacagaaattaataggaaattgccttttatttcttttaattactttctcatttaaaagaaagaaagaaagttgttttagctttaacaatatatttctttatattggaaatttttttcttgtcatgtgaaattctcgcacttttggcgccaatcttggatatacttgagtaattttatttgctggttaatttacactaattacagtttttgctataaaaacttacgatttttgttagtttgagtatatttttcttcttttttcatttaaatttatgtttgtaaattgtcttaatagtgaattctcattctatggtgaaaggtatatattataaaatttgtaatattataataaaatatttttttcctatgaaatttaattttacaagcattagtttcataatataatcatattgttgattagtctgtaaaaatattatttgattgatgagagatccatattcactttattttattagaatttttattaaataaaagttgtattattttttttttattgtaattattaaaaataatggcctttttttttaattaatagaaatattatgtagtgaattacaatcacaacttgattttaccattttattatattttttttaaaaattattgtaattatttaatactttacacacgtaatttattttcttctattgaattaattaaactttattcctataacattcatatacagttgcattgcaaattttgcatgcaatgcatgcaatcaatgtggacaaaattttaataacgaagcatgaacaacaacatggcggttagctgctaaagtcaaatatttacattaattattattataagaaaacgaggagttgatttattcggaaagtaaagtgataaaagtaaatggaaaaaagggagaaaatgaggaataagagggggaagaaatgaaagaaagaaaaatataagagaaagaatgggaagagtagtagtaggaagaaggaaacaatgtagtgggaaatataacgcaataaaaaaaaatggacgctacatgagggaagtttgaaatagttgataattaaaaattttaatttaagtacaatttttaattcgatttcaatctacaaatactaattagagaaaattatatgcaatattttttttccatgttatagaaaattgaagggtttaggcgccaaatcgagagttactactttgtataaaataatttatatattaattgcgcattaaataaaaattagggggtttggcggtaattctgagacgcaataatatttaaaataataataaataatcaaaatatataagaaaatgtaaatataataaatgatgaagaataatggtcagttgttaagtacgtataaaatggcaaatactaatcaaaatgtaaaaaataaatagtataatgtcaaattatgaataagaaataatagacacagctatttatgaggggaaaagtcaatgtgtctcgtaaagattgaaaaataagtacaagttaccccatctcactagataaatagtttatttcattttaactgatttaataa

Or select file:

The output format for each motif is as follows:

column 1: site sequence

column 2: sequence number

column 3: position of site within sequence

column 4: strand of site (1=forward, 0=reverse)