Number of columns to align
Number of sites to expect
Fractional background GC content
Enter FASTA-formatted sequence below:
>HSP Protein ATCTAGTTGTCGAAGCCACATTTGAATCATCGAGTAAACAAAGACCATAGAAGATCCTTTGTACAATAGGAGGTACATAATGCTGTCCAATTCCTCCAGAACCATTCCCAGCTCCTCCAGCTCCATTTCCACTTCCTTCTCCAGAGTTGTTGCCATGACCTTGATTGGCCGAGATAATATCGTTTTGTGTTAATAAAAGGGAAATGTTCTGAAGCTGCAGCTCATGTCTTATTTGAGTGATAGCATTCATCTGTGGGATTGTTCTCAAGAATGGCAGATTCCAACCTCTAACCCTTCTACAATATTCCGAAAGATCCAATACATTAGGGTGTGGATGGTGGTGCTGGGTAATCCCTGCAGAGGGGCCTGAGCCACCAACCCCTACTCCCAGACCCAATCCTATTCCTCCAGATACCGCTCCTGGCCCCGATCCGGCTGCTACGGATTGATTCTGTCCCACTGTGTGGCTACCTGAGTCACCATAGTAATTCGAGGAATCGATTCCATTCATACCATGGCTCTGGAAACTACTAACTCCTGAGTTCCCCGGGCCAGAACTTGCTCCAGAGCCGTATTGAATACCATGAATACCTCCTCCCCCTAAAGAGGTTTGTGATTCCTCTTGCAAGCTTGAGCTGGACTTTTGTCCAGACGTAGTTCCTCCAAGCAATAATCCCTCATACTCTGATCCGGGGAGACCACTAATGACACCTATAGCTCCGTCAGAGACGGAAGTATTACCAAGAAGATCCATCCCTCCAAACCCTCCTGAATCCTGATTAGCACCTCCTAGAATACTTCCCGAACCATTAAAAACTAGGTTCTGCTTTGACCCACTAGCTGGTTGAGCTCCAAGCTGAGAGTTAGAATAGCTAGCAGAGGAGATCTGGAAACCTCCATGCTCATGATCAATTGTATTGCTTGTATTGTGTCTAATTGCTGATGGGATAAAAGGTTGTGCTGAAGCTGTTAATCCAGATCCCATCTCCCCTCCAGAGCCTGAAGCTCCACTTGCTCCTGTTCCTGTTCCTGTTCCTGTTCCTGCTCCAGATCCCATCCCTACCACGAAGCCACTTCGTGGCTGGAAAGTAGGAGCATCTGCATGGAACGAGGAAACCAATCCCGAGTGTGATTTGGTTTCAATATCACCTCGCTTTGCTTCTCCTGGTGTCTTTTCTTTCATAGATTGACCACCTTTCCATATATATATGATATATATTATGTAAATATATCATATATACTATAATATGGGCTTAAATTAGTATAACTCAGCTTCTTTTCCACATGAATTCCATAATAATTCTGCCTTTAAAGTCTCACTATATATAAAGGAGACTCCTCAATTCGCGATTGATATTTGTTGCAAGTGGAATAAAGGTAGATCCAGCTCAATTATATTCTCTTTAATTAAACTCTTTAATGATTGGAATGTAGCTTTCTCGTGTATTTCTGATGAGATTCTTACTTCAGTAGTCGTTTAGTTAGAAACTAGTACAAATTCCCCCTTGTTTGTTCCTTAAAATACGGGGGGAAACTCAAGTTTTCAGCCTTTTGCTTGCTTTTAATCTTTTTTTGCATATGCCGGTGTATACGTGTCGTATCCTTTATGGCCTTAGGAATTTCCGCGAGGGGGGCCACTTTAAAATATGGAGGGGAGCCAAAACCTACCCGGTACACTATAAAGCCAAAATTAAGGTTAAAACTTAACTTTGAGACATATTTTGGAGAAAGTAGAGGAGTTTGGAATTCCTTTATTCTCAGTTTCCTAAGTTTAGGAGAGATAGAAAAGTAAATTTCCTGAGAAAGATTTTCTATAATTGATTACTTGGTAAACAGGGAGTTTAAATTTAGTTCTCAAAAAGTCTGGAATTACATTTTAAGCTTTTATTTCGAATTCAGAGAGCCTGTACAGAAGGAATAAAGGCCCGGTAACGCAATAGAACAGAAATAAAGTAATTCGATTCTTGTACATAGAAAAAGTCAAGTATATATATTAGAA >dnaK-type molecular chaperone hsp70, organellar CCATGCTCCTCCCCTTATAGCTACTCACCAGCTTCCGCCACACCCTGGTATTCATGCACCACCCCCTTTTATGGATCCTTGGAACATGCAAGGACATCCCTATCCAGCATATGCTCCAGATGGTGCATCACACCATTTCCATCCTGGATATCCTGGAGCTCCTTTCCCACAGACAGGGCCTACCCATCCATATGGATATGTAATTCAGCCTCCAAATATGATAAATCCTGGTATATACGGTGCTCATGCACACTTCCAACCATTTGTTGAGCCAATTTTGCCGATTTGCGGTCCTTACTTGACAGAAGAACAACAAATTCAACTTGCAATGTCGTTTCCAATGCTATCAAAAGAAAATTTTGAGCTTATCAAGCAGGCCCAACAAAGTGTTAAAGATATTTGGGGGTTGCTCCCAAAATCTATCCGCTCATCTCTTCTCCAAGAAACACAAGATTTTGGGAATTCAAATGAAAAGAAGAGCAAGCTATTCAAGAAAAGAAAAGATTATAATTATAATACTCAAAATAACATAATTAACAATAATGGAGTAAATCCAATCAATAATCACCATAATAGTAATAATAGCAGTAGTAACTCTGCTCACTCATATAGTAAGCATCCAAGCCTTAAAAAGAGGTCTGTATAACTTTTAGTCATAATCTTTAATAATTATTTTGATTGAAAATCTGTATCTGCTTCCTTTGATTTGAATTTAATTAAATTATTATAATGGGATCAAGTTTCTACCCAAACAACTTCTGTTTCCTATGGCTACTTTATTTTGAAAAGGAAGTGGTCCAACAAATTCCTGCTTGTTCCAATCAACATTTGCTAGAGATCTTGAAGACTTGAATATGTAGCTATCTTCCTTTAAAATACTAGCTTCTTCCATAACCTGAACGCTTGAGTTACTTGCTAAGTTGGTCATGCTTTTACTATTCTTACAAGATCCAGGCTGTCTATATCTTTTAAGTTCCATCTCAGATTCTTTAGGAACTTCCCTTTCCATACATTTTCTTGGTTCTACATACTCCTCCATTAGTGAATAACCTCCTCCTGGACCCATCCAAACAGTCTTGTACTTTAATCTGTCTCCCTTTTTTACTAAAGAATTTGACTCCAATCTAGATAAATCCTTGATACATACTGAATCCAAAGATGCGCTTGAAATATCGCAATATTCATCATGATCTATCTCAATACTAGTACTCGGTAAACTTGGGAACTCTCTACTTTCTCTCTTGGTAGCAGCTGTCTCAACTTCAAAATCTGTATTTGTTCTTGGAATGGACAACACACTACTCAAACCTGAACTTCCATTCTTGTAATACCTTTTCATATTATTAAAATTTGCTCGTCTAAAGCCTAAAACTTAGAGAATTTATTAGGGAGTGAAAGAATCCTATTTACTTATGTTAGTAATAAGTTTATAATAAACTTTACTAACTTTCTTATCAATATATCTTAATATGGATTTTTTTTAAATTGAAAAACTGTTGTGTCCAAACCTCTACTTTTTCAATGTTGGTATGAAAAATATGGAAAGAGGTCAATCTTAGCCTATGATACTCCATTAAAATATTTTAATACAAATGGTAAAAGTAGAAACATATTAAGTTGAATTATTGCATGCAGAAATATTCCTTTGTTCAAAATAAAGCAAGTTTCATGATCAAACCTTTTTATAATTTAAACATTATTGATTTAACCTAAAATCTACTTATTCTTTAAAACTTTATTTGTAAATATTGAATATTATTGCATTTTTTTTGTTTTAACTAATCTTTTTCTTTATCTATTTTTGACAATAAGAACACGTATGGCGCCAAAAAGCCCGTGTAGCAAAATTTATTTATGGAATTAGAGAAATAAAAAAAAGCCCAATTTAATAATTTGAGAATTCGGCAATAAGTTAAAGGTGCTTTAATAGAAGGAATTGCTTTTTAGTGTTAAATTTAGAATTTGTTCCTTGGTCAAATCACTGACTTGTTCTTTCGAG >Hsp60 TTGGTGGATTAAAATTAAACAAGGTGCAAGGAGTGGTAGTGGTAGAGTGAAATAGAAAGAAAGGGAAGAGAAGAATAAGAGGAACTGTAGAAAGAGAAGAAGAGAAACTAAAGCTGAAAGAATTTTCATTACAAATATCAAAAAGGTGCGAGAATAAGGAGAAAGTGAGACTTTAGTTTATTAATTTGTGTGTGTGCGTGTGTATATAAGAATTGGAGGATATAAAGCAATATTGGGTTGCTTTGGAGCTTTTTTTCGTGGAGAGAATAAGGGTGGAAAATGACAGATTTTAGTGAAAAGAATTTGGAGTATAGGTTGGACAGTTCAGAACACCAAGCACAAGGTCAGGGACAAGGGCAAGGGCAAGGGCAAGGACAAATTCAGAACGAAAATAAGATTCCAAGTGGTCCCATAATAGCAACATTATGTTGCTTGTCGGCTTTGGGTTTAAGAGGAAAAGTGGTATCATCATTCTCATTCTTTCCTCCGAAATTGAGCGGTCTAGTATTGAGAGATCGAGATGGAAGCGAAATAGAGTTTAAGAAGGAGTATATACGCATGAGATTTGGGTTAGAAAAGATTACCTTAAGATCTGTGACTAATATAGAAAAGAGATTGGAAGATTTGTTAGTTGGAGAGAGAAAGGCTGATATTTTTTGTACTTGGTTGGAAAGTGGTAGATCAAAGATACCTATTTCTTGCATTAGTATATCCCCAGTTCATAATGAAGATGGTACTAGAGAAAAGATTCCAGCATTCATATTTAGTCATGGAAATGCGACAGATATTGGAAGCATGCTACCTTGGTTTGTAAATTTGAGCTTAAAGTTAAATGCGCATGTTTTAGCTTATGATTATAGATCATATGGTCTTTCCAAAGGAAAACCGACAGAGAGAGGGATTTATGCAGATATTAAAGCAGTTTATGAATATGCAAGAGACGAATTAAATTTTCCAACTGATAGAATTTTTCTGTTAGGACAAAGTATAGGTTCAGCTCCAACAATACACCTTGCTAGAAAACTTAGGAAGAAGTTGAGAAAGAATACAGGTACAAGAACAACTTCTGATAAATCCAATATTGATTGTAATAGGTCTGGGCTCCCTTTAGGAGGAATTATTATTCAATCTGGAATAGCTTCGGGTTTAAATGCTCTTTTAGCTCCAGATTATAAGAAAGATATACCATGTGATGTATTTCCAAACTATAGGAATATTCGAAAAGTGCCATTTCCAATTCTTATTTTGCATGGAACTAATGACCAAGTTATTCATATTTCAAACTCTAAGAAGTTGTTTGAGAATGCGAAAGAAAATAAATTCCATCCTCCAGTAACTACTTGGTGGGTTGAGGGAGCTAACCATAATCTTCCAGGGCCAAACCCCAAAAAAGAGTACTACCAAAAAATTGGTGCTTTTATTAACTCTGTAATTTAATATTTAGAGACAATTATTATCATTTTGACTTTATGACCAATTTTATATTAATTAATCATATAATTCTATCTCATTTTATTATATATAATTTGTTTGTACCCCTAGTTTATCTTCAAATCTTCAAAAATATATTCTTATTCTTATCTATACAGCCAATTGTTGTAAATATGGATGTATTTGCTCTTTTATTTATTATTAAATTTGGTGTGTGCTACTTAGAAAACTCTCTTATATGAATTCTTCAAATCTTAAGTACTATTCCTTTTCTCTTAGCTCCACTAAATATTCGCACAATTATTGTATTACAGCAAAATCGCATATTATTTACACGTGTCTGCATGCAATGACATATTTCCACATGCAGTCATTTTTACTGACAATGTTACAAATGTTTGCATGATGCTCGAATTTTGGTAAAATGACATTTATTTTGGCGGGAAAATGTTCTTGACAGAAAACTTTTTCATCACGAAGCTTATAACTAAAGAAAAGGAGGAACTTTGGTGTTTTTTTTTCTAATTATTAGAAGGAATTGAGATATCATAGAGAAATAGTTTGAGAA >HSPC236 AAACGTATCTCAGGGAGCAATCAACTTCGAATATCATGTCAGGAGATTTATCTATGCATGGAAATAAGGAAGATCATTTACTTCCTACTAGTCATACTTGTTTTTTCCAGTTAGAATTACCCGGATACTCATCTAAAAAAATACTAAAGGAAAAATTATTGTATGCAATTACTGAAGGAGTTGCAATTGACATGGACAATGTAGTACTTGATAATAATTAGGAGTAATATTGGTTACATAAATTACTTAAATATATTCAATTTTTTGAATAATTATTTAGCGCTACAATTTTTTGAATATTTATTTTCAAATTGTACGACTAAATAATTGAGTTAATGAATTAATGGAAATAAACAAAGATTTGGAAGAGGAATAAGGAAGTTGAAATAAAAATTAAATATTATGAATTCATTAGTACAAAACTCTCCTTTTTCATCAATGATGAACTTTACTTTTTTTGACCAAGCAAAAAAGATATTACAATCAGAAGAATCTAATAAATTAGAAAAGTATAAAATTTGGAAGGAAAACACATCATTACTCTATGAAAACATAATGACTCATATTTTGGAGTGGCCATCACTATCAGTACAGTGGATGTGTGAAAGTAGTATTTCTGATGTTGAAAGCTTTTACTCTGATGAAGGTATAAACGAAACATCAAAGTATTCTTTGTTAACAGGCACCCATACATCAGGAATGGACCAAGATTATATTATTATATTGGATGTTTTATTGCCAAATTGCTCCATTCCAGAAAATTGTAGGAAATTCGATTCTCATAGCGATTATGCTGGCTTTACAATACCACATATGGAAGCTGATTCCAATAATTTTAGTCAAAGAATCCTAATTCCACACGATGGAGAAGTAAATCGGGTTGTTAGCTCTCCCATGAATGGGAACATTATTGCATCCAAAACTGTGGTGGGGGATGTTAATATTTACGATTTAAATAGTTTAGTGAACGAAAAAATGGTTAAAGGCACTGTTAAAACTGAAAATAATCCATCATTAATTTTATGCGGTCATGAGTTAGAAGGTTGGGCTTTAAGTTGGAATAAAATTAAAGAATCCTATTTGGCAAGCGGTTCGGATGATAATGTTATTTGCTTATGGGATATTCAAAGTAAACCAAATAATTATGAAAGGAAATTAAAACCGATTCTTAAATTCATGGGGCATGAAAAAAGCGTTCAAGATATCTCATGGAATCCTTCAAATGAGAATATCATGATTTCAGTTGGAGATGATGGGTTAATAATGATTTGGGATATTCGCGAATCGGCCTCGCCATGCTGCACTACAAAAACGTTCAAAGAACATTGTTCTGACAATGCAAAAATTAACTTTGGTTTTAAAAAGTCGGTTGGATATTCTTGTATTGGCCATTGTAGTACAAATATTAATAGCCTTAACACAATTGAATTCAATCCATTTCAAACAAACATTATTGCTGTTGGAGGGAGCGACCCCGTGATAGCGATATTTGATATTAGAAACATGAGCAAACGACTTCACTCACTTAACGGGCATTCTGGACAAATAAATCGTTTAAGTTTCCTCTTAGAAAATGAGTCATTATTGGCATCTGCATCTTCAGACTCTACAGTTTCGGTAAGTTTAATTTAAGATTAAATTTATAGACCTAATTACGATAAACTTTCAGATTTGGGATTTATCAAAAATTGGAATGGAACAAAGACCTGATGAAGTTGAAGATGGTGTACCGGAGCTAATTTTTACTCATAGTGGGCATACTTCTCCAGTAATAGATTTGTCTTGCATGACTAACTATTTACAGACTACATTTGCAAGTATAAGCGAAAACAATTATTTGCATATTTGGAGCCCAGGGGAAGCTATGTTTCTTTCAGATGATGAGGATGAAGAACTTGAAAGGATAAAAGATATCCAAGTTGAATAAACGTACATTTTATTCAGAAAAATTACATCAGATTTTGCGGCAAATTGACATATTTTTCAATTAGCAATGAAT >heat shock protein, Hsp70, transcripts identified by EST; Chromosome 7 ttctccttgtgaatataattttagatctaccatagtcccaatacccatccctaaggtcttttgcaaatattattcctttcttttctgatttttcacctctactaactttaaggtcactctttgtgtagtaggatagaaatgcaatggggtcagttccatccatgatgaaaaatcttactttatttggagaaatatgtgaatcccaatttcctactagttttacagcaacacaacctctttttcctatatcccaagctgtgtggtagcccattataatatcttctggtatatactctcctttgggaatccatgctgtgcttctaatttcattcatctcttctggacttaatgcggcaatttcttctcctctttgaatttgctcaatttcgtcatgcaaaaaatcgggattgtcatcttcatttgctttatgtctcatcctcctatttcttattctctgtctaaatctaacatcacctaaattagaattatccgtactacctttattttggaatattttaagtttatcttgaataatgctatcaaacttatttgaatttgaggttagaattgcattaggatctaacttcatatcatcatcttcgtcaacagaaaagtcatcatcatctccgtaaaagtcattccaatcataatctccactataatatccttgtacatttgctaaaattttattaacagaggcagattctgaagcatgggctgaattactattatccaaagtattctgcatcttcaaaatatattcaaatctctaaaatctatagagactttaattctctttaaattccactcctatatcttattttcttcagttatttcatttagattcattatttttaattagattgcttgtaatagaaattccaaaaaatgtgtgccagcccgccaaaaccaaaccattataaatacaacataaatagtataaactgcattatgacagattgggaatcacttttactagagagagtcaaaaaaagggatcagccaagtatctctgaccttctagagctttacggatcgtgtaagtaattttttcttttaatttttaagccttttaataacttacttccttcttgatttggcgtaaattacactttttattctcatttttttttctcctcaaatagatactgatctaaggaaaaggttcatctcagctcaaccctgcaactcatcaactcctcaaaataggaaaacaactcacactaaaaattctagtacaagcactgaacaagtccgtttcctacaagcaaaactttcacaactacagcaagagctcaccaattcatataagaataaactcaactttgatgattctattggcaaactccgtgagaaaattgataagttagaaagtgaaatttcagaaaaagacaaaacaattagcaaacttgagagaacaatttcccacttgcagtctaataaactgtagattagttatatattaattacaaacacacagaaacgcatgaacaagacttcaatctttcctttatttcagtcttaaaacgattattacaatactttttaacttttgcccctcaaccgctctccacccaagaataatgcccgcctaaacattaattattactaattcaaatatatatattagtggtaactaataaatttaagaggggttggataacaaattaatggcccacataattaataataattagtgataagtattaaagaagagaggtaccatattattgttgacacacgtctaatagcggttattttttaatataagatattttgctatatactaattcaaagcactgtttaaggatataatcaaagatactatttagagctatagactgaataatcataaattattctaattatatatattattaaatatagattttatttaagttatattaattaagcgttttaacccctcttaaattttcccccaaagaaaaattacccaacattaatatttcgaacatttcagttttcttaaagttggaaaga >heat shock protein 90 (Hsp90), signal peptide plus ER retention motif gtttacttgaatagcaacttcagatttgttattcctataaatacaagaaatatttgaatccttagaattagctattacaagacaacatggtaaaagcgttttctgtccattattcattgctttcgtgcttgcattattctctattatagttttcaacgaaaggtacagatattgtaatctctcgtattcgacgagcttttcgcgaatattttgttggattaatggcagattatcacatgattgagaattttccgaacataagatgtgattaatgctagaaatacctttccatattatatttttattacttttgtctataatttttgcagaaattaggacattaattgcatcataaactcgtctccttatgcttttttcacttgactcacgatttttctgataaatagggtcatttgctgcacgtattgaatcaatagggcctaaatattccattattaaattgtcggcgatgtcagtttgcgtagaaatcctccaaacctttaataaagtgcaaattcttacagcaacctgttttagagtgcctttatttgatgaattaccaagtattcccatatatggtagagaattgtttctagaatctagattatattgattggaatgtacggagtctgtttctgtagtaagcatttcaaatgtatagccagtactaccaacattattagcagataagctatcaccggtatttaccgggttaatataactgttcaaacttctagaatagtccatatgaaagaaaaaattataattatttgaaatctaattattaatctcttttcgatccagatttgccgatttttattttagcggcaatagttagcttgtataaaatggagagataacaacagtatatatttggcaataataaacagtaattgtttatattatattctggtgagtttactgaattttaggttcatcgaaccaattgcaaattgagtttatttattggtaataatcattatggcataatcaatgaaccgccattttactcccctcacaacaaatggcaggaatttgaatataaaatccctcaattagatttatttattgctatggacgctgactactcattttcgctcacaacattcagcccttctggaaaacttgttcagatagaatatgcgcttaatgcagttaactctcaagggcgtcctgcattgggaataaaagcaagaaatggagttgtaattgctactgaaaagaaagttgcgagcccattggttgaggaacattcaattagaaaggtcgaattaattactagtgagataggctgttgctttgcaggtatgcctgctgatttcagagtgattctgaaaaagagtcgaaaaattgcccaggtttactacaatacgtatcgtgagcaaattccagtatgtgaactagttcgagaaatcgcaactgttatgcaagaatttactcagtcaggcggcgtaagaccattcggaatttcattattagtagcaggtttcgattcaactagaggcccccagctatttcaagtagatccctctggtgcctatttcggatggaaggcatctgcaatcggaaaagacatgcagaatgcaaaatctttcttagagaaaagatataaccctgacgtagaaattgaggatgcattacacaccgctctcctcacattgaaagagtgctttgaaggagcaatgaatgaagacaacattgaagtgggtataataggggaagacaaaaacttcactattctatcgccacaggagataaaggactatttaggtgaggttgaataggaaagaatttagaatagcatattagctacattaatataattatctcaagcgtgtgcagattattttgttttgattgcgacaaatatgatttaattgtttcttgagacgatgtggggaactaaggagacgccgtgttattcatgcgcgccccgcgatactgttcgatttactcaactaaagattgccattacactgaataagttctgtttgcgtaata >heat shock protein HSP70, mitochondrial; 3 cgtcagaatagaattcaaaccccccaaattgccatgatggaccctgctgccctacaacaagccagtttggacgtccataatgcaatgtaggttttgggattttgttttccagacgatttcctttaccatcaagttgaactgagttcaaaagacctgatgccatatacatccttaacacatttacatcagctcctgccatgaaatatcttaaagttagacaatgactaccaaagctatatacccttggatttcctattaatactgctgaagctcctggcatatatcctggtgctctaaagaaaatatagtgcccttctcccttcactcctgtagttgtatcactttctggtctcgacccaactatagtttcctcaccaactccaagttcaaatcttgtctttgtttggtagtctaaaagagagctgaatccacaaccaaggtaaccttggagctcaaaatcacaattaaatgatgagttttctttggtatttaataaaccagctgaataaatatgtaattttgggctcatggtatccttgaatgctctacttcttgcaggagaataacaaattgtaaaactatcagcatcatctttaatcccatttatactgaagattactgtcgcctgcctagcagcagatttttgcatattatcaccaataacaagctctgaagtctcgtatgatcttactcctttaaacggtcccaagccaattttatttggtggacattttcttagaatatcactaagtagtaagttcttttgcttaatagtcttctctggagaataattttcattttttagtaggtaaattgaatcatcttgtgttagacctactccagatatagcaactatacaatttgatcttttaatacaaaagtattcttgaacaattggagagatttctacaattgagttagaaggtccagatactgcctcatcctcagccccactttgtaacatatagcctctattcccttcttctggacaggaggaggcaccatctataatttctgtgggatttggagaatcttgggtatacaaatacaaaacacatcctttttcggattttttgtcagagcttactgccttttctggattgttagatttttcctgtaaagatcttagcgaaggtctgcctttagattgttcttgtctttctggaaataatagctcttcaatagctgaaggttcattcatacttggaagaattcccgcatttctagttagtggatttgaagcatcagcttcatttatttgactacagattagttcagataaactgaaaaaagtcagaagcaagaactttaaccaatgaagcatcttttcttgattgtttaagcttaaattaagattatatataatattagtgagttaatttcgacacttatttagctgcattcagcctttttcttatgcaaaataatctttattaaatttaaggtttaaattaattaatattatttgtttatattaaaagaatctgtaagcttttgagcactagatttaacttattaatgtatttatcgccaatacttatactctctaagttaagaagaaaagggaggtattggtgaaaatagtattcgaatctatttatatttagattgaataatattaatttttaattcccaaaaattatttcaattgatttatatttgagagaaatcaaatattacaaataatatcacttttacatctttagaccttactttatatgaaattcaaaccttgttgcatctacatgctcggatttttgcatgcaaattgcaaactgcatgcaaaaatccgtctcaagtaatttttacttttaagtataacttgagaacacttagggaaataagagaatatttaaattcacaaaataattgaataaaaatgatagaaaagctcaaaattattatttaatgcctttagacaaaaatctaaaaaaagctattagagttaataatactaggagagagaaatctctaggttataaaatatcattgaataaaaaa >Hsp90, transcripts identified by EST; 3 gatcgattatccactaatacaaataagaagaaatttaaggctcaacttttctattcataattacaacttcaaaaagtttgtttgtggtttataattgaataatagtaataaaataatatgtcattaaataaacagagtttgaggttaaatgaggcacagctaatagcagtaagagagacttttgatttagcagatgatgattcagatggaaagattaactttgatcaggtaagttattttttttgaaatcgttgaataaatatataaaaaatataagattaataaagtatattacatataatttataaggagtgaatcgattattctgtttttttatttgactaaataattttacagtaattttgtatgctttatataaatgattcatttcctaataataaattattattattattttgaaaatataataaataactaattaattattttattaactctgaaatgttttaggcatgtattctgtttagagtacttgggcaaacaataacagaccgcgatttaaaaacagcattgttggaaggttggccaggacttgatattcaatctgatgaaactaaggacaaagggtttaagaaaatagatacaagttcattggctccaatagaatttgatgcatttattaaaattttcagagccaaatataagattccttttgatgaagatacaataattgaagcttttcaagtttttgatcctgaaaatacaggacttatgccagcaaattcttttgtaaaattaatgacaacaacaggagaacctgttccagcaaatgatgttgaagatttattactacttgcaaatgttgataaagatggcaaatttgactatactcaattagcaaagaggcttgttgaaggtcccaagaacgttcgtgttttataataaaaaattcaaaaatttttcgagtaaaatttcatttagtaaatataaacaaaggaagacattaatttttttctttttttttaatacatgtctattatctctgcaataacggtatttcataaattgtttatccacatgagtgcatgcatgaaaatttgcatccacatgacgtagtgcatgattgaattaattattataatgtaagttagtaacggtgataagttaaattgagatttggacataaaaaaaaggaaataaaggtaaatttgatgctgaaagaatgggataagaaatttgggaggaatacaaatttaggtattatgcaagcgtgatacaaatagaaaagagtcttgaagaaaagcttgcatacatgactatttcgtggtaattcaagttctttcaataatacaatttattcttgagaatacatatgaacagttaagttttaaaatggaatatttaaattttcgacttaaatattcagcaaaaaaaaattaacaaaacgacaagaaaacaatttaatcttattttctatgcaataaatcaacattcactaaagtgttgggaaagttaaaaataatctggagaagaaaatattgtgagggttaatggggggttacgacgttgttagagtgggatagcagaaaatgaatattgagaagtaatacgatcatttcctttcaatataatgtcacagataacacagtaaaaatatatttaaattaatttctggcactaatatttaatacgcaataaatataactaagaggggaattcaagtaattttttatgagggtatcggtgagacgggtacgcaagtattgtctcaacaattacccccatttaaaataaagttaataatcaaattaaataaatagataagaataattaaatagatagtagaatagtaaagaccggaaatgcatagacgtaaaagtaaatatagttatataatgccaaataaatggtgagatatttaatagataagtcaagggggggaagtttaaattaaaattgaataaaataggggcaggtgagagaagagataaaatcattctatcaaaaaaagggtaattttcattttttaagaaaacttga >heat shock 70 (HSP70) protein, transcripts identified by EST; 2 ttcttctttgacagtatttaacttttgtttcatagagagttcaaaccattctcttaagatttttgatttgatttttttctttctattattccccacatatgattccaattctaataatattttttgttttaaagtatataaataccattctttaataattctagagactgttttttgtgtatgatgtgcgattgcactgctatatttatcaaaatcttggaattcattattagttgtatgcaccatatatcattaattatcgtgatatttcaactttgttaataaataatagatttgtaaagtacttatatgtaaatgagtatatattaatattataaagatgaggaattcattcaaataaatatagttggatttttttttttgttttattaatttctttaaaatggtttaattacttatcattaataattttcttattaaaaaaaaaattgcgatttcacacagaaattaataggaaattgccttttatttcttttaattactttctcatttaaaagaaagaaagaaagttgttttagctttaacaatatatttctttatattggaaatttttttcttgtcatgtgaaattctcgcacttttggcgccaatcttggatatacttgagtaattttatttgctggttaatttacactaattacagtttttgctataaaaacttacgatttttgttagtttgagtatatttttcttcttttttcatttaaatttatgtttgtaaattgtcttaatagtgaattctcattctatggtgaaaggtatatattataaaatttgtaatattataataaaatatttttttcctatgaaatttaattttacaagcattagtttcataatataatcatattgttgattagtctgtaaaaatattatttgattgatgagagatccatattcactttattttattagaatttttattaaataaaagttgtattattttttttttattgtaattattaaaaataatggcctttttttttaattaatagaaatattatgtagtgaattacaatcacaacttgattttaccattttattatattttttttaaaaattattgtaattatttaatactttacacacgtaatttattttcttctattgaattaattaaactttattcctataacattcatatacagttgcattgcaaattttgcatgcaatgcatgcaatcaatgtggacaaaattttaataacgaagcatgaacaacaacatggcggttagctgctaaagtcaaatatttacattaattattattataagaaaacgaggagttgatttattcggaaagtaaagtgataaaagtaaatggaaaaaagggagaaaatgaggaataagagggggaagaaatgaaagaaagaaaaatataagagaaagaatgggaagagtagtagtaggaagaaggaaacaatgtagtgggaaatataacgcaataaaaaaaaatggacgctacatgagggaagtttgaaatagttgataattaaaaattttaatttaagtacaatttttaattcgatttcaatctacaaatactaattagagaaaattatatgcaatattttttttccatgttatagaaaattgaagggtttaggcgccaaatcgagagttactactttgtataaaataatttatatattaattgcgcattaaataaaaattagggggtttggcggtaattctgagacgcaataatatttaaaataataataaataatcaaaatatataagaaaatgtaaatataataaatgatgaagaataatggtcagttgttaagtacgtataaaatggcaaatactaatcaaaatgtaaaaaataaatagtataatgtcaaattatgaataagaaataatagacacagctatttatgaggggaaaagtcaatgtgtctcgtaaagattgaaaaataagtacaagttaccccatctcactagataaatagtttatttcattttaactgatttaataa
Or select file:
The output format for each motif is as follows:
column 1: site sequence
column 2: sequence number
column 3: position of site within sequence
column 4: strand of site (1=forward, 0=reverse)