ALIGNMENT OF SSR1600-ORTHOLOGS EXTENDED BACKWARDS TO STOP SITE

    Seq 3     1 YPIPNTHSPI PIPQQVVDNT PKNHLYLSVH FNDEEGIIAE P--LNLTVSL
    Seq 4     1 ---------- -----VVDNT PKKHLYLSVH FNDEEGIIAE P--LNLTVSL
    Seq 5     1 ---------- ---------- -------AFT LTHEEGIIAE P--LNLTVSL
    Seq 2     1 ---------- ---------- ---------- ----EGVIAD PKQLNLTVSL
    Seq 6     1 ---------- ---------- --HCSILSTG CKAEEGVIAE P--LNLTVSL
    Seq 1     1 ---------- --CQNVVEAW LSCFLITNIL LRSIRGFGPI TELQRLTVSL
consensus     1                 ::                   .*. .  .   .*****

    Seq 3    49 RGTREVRDNY QLFRLTGLLD AFSEPTFRKV LGGKIDEGPK HIILDLSQID
    Seq 4    34 RGTREVRDNY QLFRLTGLLD AFSEPTFRKV LGGKIDEGPK HIILDLSQID
    Seq 5    22 RGTREVRDNC QLFRLTGLLD AFSEPTFRKV LGSKIEEGPK HIILDLSQID
    Seq 2    17 RGSHEVRDNY QLFRLTGLLD AFSEGSFTKT LKTKIDNGPK NIILDLSKID
    Seq 6    27 RGTLEVKEKL QIFRLTGLLD AFSEPTFRKV VSDHIEAGPP HVVLDLSTID
    Seq 1    39 RGGFERKKGC LVFYFTGQLD AYSEKQFTDF VNDVLSSNKL PIVLDLTKID
consensus    51 **  * :.    :* :** ** *:**  * .  :   :. .    ::***: **

    Seq 3    99 FVDSSGLGAL VQLAKQAQTA EGTLQIVTNA RVTQTVKLVR LEKFLSLQST
    Seq 4    84 FVDSSGLGAL VQLAKQAQTA EGTLQIVTNA RVTQTVKLVR LEKFLSLQST
    Seq 5    72 FIDSSGLGAL VQLAKQAQTA EGTLQIVTNA RVTQTVKLVR LEKFLSLQKS
    Seq 2    67 FVDSSGLGAL VQLVKHTKDK EGTLQIVSNA RVKQTVKLVR LEKFLSLRST
    Seq 6    77 FIDSSGLGAL VQVTKLSQNK QGSVQIVTNP RVTQTVKLVR LEKFLHLHNS
    Seq 1    89 FIDSSGLGAM VHSAKKCKKD KRSFVVVGNP RVIQTIKLVR LEDFLHVAAD
consensus   101 *:*******: *: .*  :   : :. :* *. ** **:**** **.** :

    Seq 3   149 VDAAVENIKG A--------- ---
    Seq 4   134 VDAAVENIKG A--------- ---
    Seq 5   122 VEEALENVK- ---------- ---
    Seq 2   117 LEEAIEDIKN SHPNKAKTDD QDR
    Seq 6   127 LAEAIAATTE G--------- ---
    Seq 1   139 LNAALTQLAA ---------- ---
consensus   151 :  *: